Када се ЦНЦ систем активира, жељени резови се програмирају у софтвер и диктирају одговарајућим алатима и машинама, који извршавају димензионалне задатке како је наведено, слично као робот.

У ЦНЦ програмирању, генератор кода унутар нумеричког система често претпоставља да су механизми беспрекорни, упркос могућности грешке, која је већа кад год је ЦНЦ машина усмерена да сече у више од једног смера истовремено.Постављање алата у систем нумеричке контроле оцртано је низом улаза познатих као програм делова.

Са машином за нумеричку контролу, програми се уносе преко бушених картица.Насупрот томе, програми за ЦНЦ машине се уносе у рачунаре преко малих тастатура.ЦНЦ програмирање се задржава у меморији рачунара.Сам код пишу и уређују програмери.Стога, ЦНЦ системи нуде далеко већи рачунски капацитет.Најбоље од свега, ЦНЦ системи никако нису статични јер се новији упити могу додати већ постојећим програмима кроз ревидирани код.